Quyền chỉ huy các Lực lượng Vũ trang Hàn Quốc được quy định trong Hiến pháp. Theo đó, Tổng thống giữ vai trò là Tổng tư lệnh, kế tiếp là Bộ trưởng Bộ Quốc phòng - thường là một tướng bốn sao đã nghỉ hưu. Tổng thống và Bộ trưởng Bộ Quốc phòng chịu trách nhiệm về toàn bộ cơ sở quân sự, duy trì quyền kiểm soát dân sự đối với quân đội. Theo lệnh của Tổng thống, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng phụ trách các vấn đề quân sự và giám sát Chủ tịch Hội đồng Tham mưu trưởng liên quân cùng Tổng tham mưu trưởng của từng quân chủng. Để phối hợp chiến lược quân sự với các vấn đề chính trị, Tổng thống có Hội đồng An ninh Quốc gia do Cố vấn An ninh Quốc gia đứng đầu. Tham mưu trưởng liên quân bao gồm Chủ tịch Hội đồng tham mưu trưởng liên quân cùng các tướng lĩnh thuộc đủ 3 quân chủng. Chỉ huy hoạt động của các đơn vị chiến đấu cũng do Chủ tịch Hội đồng Tham mưu trưởng liên quân quyết định và chịu trách nhiệm. Chủ tịch Hội đồng Tham mưu trưởng thường là một tướng hoặc đô đốc bốn sao. Chủ tịch Hội đồng Tham mưu trưởng trợ giúp Bộ trưởng Bộ Quốc phòng về quyền chỉ huy tác chiến và giám sát các đơn vị tác chiến của từng lực lượng vũ trang theo lệnh của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng. Chuỗi kiểm soát hoạt động này bắt đầu từ Chủ tịch Hội đồng Tham mưu trưởng Liên quân đến các tư lệnh của Lục quân, Hải quân và Không quân. Các tham mưu trưởng tương ứng của mỗi quân chủng có quyền quản lý hành chính đối với quân chủng dưới quyền chỉ huy của mình.[20]

Tuy nhiên, phía Hàn Quốc chỉ kiểm soát quân đội trong thời bình, nếu chiến tranh xâm lược nổ ra, hiệp ước phòng thủ chung năm 1953 sẽ ngay lập tức được kích hoạt và cho phép Mỹ nắm quyền chỉ huy các lực lượng Hàn Quốc với một tướng bốn sao.[21]